منبر، صندوق مصلی ، مقصوره ، گوشه و کنار حجره کلیه سوختند. اهل مدینه خبر این حریق سوزی مهیب را به پاد شاه اشرف قایتبای رساندند و پیش از آنکه کمکی ازجانب مسجد طالقانی مشهد شاه فرا برسد عموم مدینه در تطهیر بنای مسجد تلاش دقیقی به فعالیت آوردند .
زیرا قایتبای از این رخداد با خبر شد نماینده خویش را بنام امیر سنقر جمالی همپا با معماران و آلات و لوازم ساختمانی و دارایی کافی به سوی مدینه مسجد توفیق مشهد بسیج نمود و دستور بخشید که در تجدید بنای مسجد از هیچ فرمان و هزینه ای کوتاهی نورزند . شاه اشرف قایتبای که در سالهای 872/901 قمری بر قلمروی ممالیک، حکمروایی می کرده، دراین راه و روش به حدی نیروی کار و مدرس عمل و وسایل و مصالح ساختمانی ارسال داشته بود که مورخان به تفاوت از وصف آن حکایات، ارقام عجیبی را نقل کرده اند ...
دراین مرمت مناره رئیسه را مرمت کردند و دیوارهای مسجد را از محور نوسازی ، محراب عثمانی را پیشرفت بخشیدند، ردیف ها را احیاء کردند آدرس مسجد توفیق مشهد و سقف ها را به استحکام برافراشتند و گنبدی برفراز محراب عثمان سازه نمودند و از دور و اطراف با سه گنبد دیگر که به مجارید دارای اسم و رسم بودند ، زینت و استحکام بخشیدند. دو گنبد در مدخل باب السلام برپا شد و نماسازی مسجد به گونه ای بی نقص شکل به عهده گرفت و آنچه که از کتاب ها و مصاحف سوخته بود از مملکت های اسلامی گردآوری و وقف دوباره مسجد کردند. رزرو مسجد توفیق مشهد این اهتمام به محدوده بنای مسجد محصور خلا، محیط مسجد را با تأسیس رباط ، مکتب ، آشپزخانه و رویکرد سازی ، رونق داد . موقوفات متعددی تصویب و ضبط شوید و با ارایه تجهیزات شهری و کنسل زیر میزی مالیات به رفاه حالا اهل مدینه کوشش گماشتند.