در سال 678 قمری ملک منصور قلاوون از ممالیک بحری مصری یا این که به روایتی دیگر احمد بن دلیل عبدالقوی والی شهر قوص بالای حجره ، گنبدی سازه بنیان و آن را با لوح های سربی روکش نمود تا بازدارنده نفوذ آب باران خواهد مسجد طالقانی مشهد شد .
در سال 765 قمری اشرف ناصرالدین شعبان ثانی از ممالیک بحری لوح های سربی را بازسازی نمود .
در سال های 879/888 قمری ملک اشرف قایتبای بعد از نوسازی بدون نقص حجره و تجدید بنای آدرس مسجد توفیق مشهد آن ، گنبدی رفیع بر حجره شریفه و گنبدی دیگر برفراز حجره فاطمه سازه بنیان .
از سویی دیگر میرزا حسین فراهانی در [سفرنامه ، ص 278] می نگارد که خویش چشم میباشد بر باب سمت شمالی مرقد نام ملک الاشرف قایتبای که از سلاطین به این دلیل که مصر بوده و بانی این بارگاه و گنبد میباشد درج شده ، و در سنه هشتصد و هشتاد و هشت سازه کرده است ... »
در سال 233 قمری فرمانروا محمود ثانی بن پادشاه عبدالحمید (1223/1255) گنبد حجره مبارکه مسجد توفیق مشهد را بنایی دیگر نمود و آن را به رنگ سبز روغنی منقش کرد .
میرزا حسین فراهانی که در سال های 1302/1303 قمری وصف بنای مسجد را در سفرنامه خویش نگاشته میباشد . از واپسین هیکل بنای حجره و مرقد خاطر کرده ، می نویسد : « بارگاه خجسته مشمول چهارپایه بزرگست که هر محور دو ذرع و نیم پهنا آنست و سقف گنبد خوشیمن نیز برآن مبنا ها زده گردیده و سه محور خرد میباشد که دو تای رزرو مسجد توفیق مشهد از آنان در سمتی میباشد که مرقد مطهر حضرت صدیقه طاهره میباشد و یک اساس هم بالای وی مناره بلال میباشد که اذان می گفته و در حوالی میانه بارگاه خوشیمن پانزده ردیف و چهار بست » .
بنای فعلی مقصوره یا این که حجره که در زاویه جنوب شرقی مسجدالنبی (صلی الله علیه وآله و سلم) قرار گرفته میباشد دارنده بارگاه یا این که حصاری فرنگی میباشد که در اصطلاح اهل مسجد به الشباک دارای اسم و رسم میباشد .